在南海路7号拥有800平方米的办公室和实验室,拥有两艘能够进行海湾生态系统综合观测的科学考察船,拥有两辆野外考察用车。在连三岛有能够进行大型养殖、生态和环境模拟的实验基地。建有胶州湾气象观测站。新的模拟实验和示范基地正在建设中。现有仪器设备除常规监测仪器,如CTD(温、盐、深度)、印刷海流计、分光光度计、PH计、显微镜等外,还包括最新引进的大型海洋研究仪器,如海洋生态环境多功能探测系统、气质联用仪、流式细胞仪等。同时整合有浮游动物光学计数器、CTD、荧光计、浊度计和浮游动物自动采集器的水下自动拖体系统,能够在船舶航行条件下在垂直剖面上对水文、浮游动物颗粒和浮游植物荧光值等参数进行实时自动监测。